平成9（1997）「年に、国立国際医療センター研究所血液疾患研究部として創設し、造血因子のシグナル伝達や白血球機能などの研究を行ってきた。 その後、ヒトES細胞を用いた研究を開始するために、平成17（2005）年にヒトES細胞使用計画の文部科学大臣の確認を受けて、血液細胞や血管内皮細 胞の分化誘導に関わる研究を開始した。 このような文部科学大臣確認は、厚生労働省の機関としては初めてであった。これらは法人化する以前からの歴史であるが、現在、中心的に展開しているヒト ES細胞とヒトiPS細胞の双方を駆使した研究、特に中胚葉系の分化細胞を用いた研究の発端となった。 平成22（2010）年の法人化後、部名を疾患制御研究部へと変更して、センターのミッションである様々の疾患、特に糖尿病、代謝疾患などの生活習慣病の 研究を展開し、現在に至っている。